Gostaria de saber o prazo para emissão das certidões que não são emitidas automaticamente.

O prazo é de até 5 dias úteis. Contam-se cinco dias úteis a partir do primeiro dia útil após a solicitação.
A Resolução nº TRF2-RSP-2022/00085 dispõe sobre a expedição de certidões judiciais no âmbito da Justiça Federal da 2ª Região.