A parte autora efetuou o pagamento, a título de custas processuais, de 1% sobre o valor da causa, em vez de 0,5% - conforme o artigo 14, I, da Lei 9.289/96 . Cabe pedido de ressarcimento de custas da metade do valor recolhido?

Não. 

A Lei 9.289/96 não prevê eventual possibilidade de retratação à faculdade do autor do recolhimento de 0,5%, a ser exercida no início do processo. O recolhimento em 0,5% é opcional, sendo devida a complementação na fase recursal, complementação esta que não existirá, acaso haja recolhimento integral das custas.