O juiz determinou o pagamento de valores relativos a contribuições previdenciárias devidas em função do exercício de atividade remunerada num dado período, a título de exemplo. Posso recolher o valor por meio de GRU?

Não. 

O pagamento do montante deve ser feito mediante depósito judicial, em conta judicial vinculada ao Juízo, sob administração do Posto de Atendimento Bancário da CEF.