Haverá restituição de custas judiciais, no caso de desistência do processo?

Depende. 

Se a ação judicial já tiver sido ajuizada, não. Art. 14, §1º, da Lei Nº 9.289, de 04/07/96: Art. 14º, § 1º - O abandono ou desistência de feito, ou a existência de transação que lhe ponha termo, em qualquer fase do processo, não dispensa o pagamento das custas e contribuições já exigíveis, nem dá direito a restituição. Todavia, na hipótese de a ação judicial não ter sido ajuizada, há possibilidade de restituição de custas, após verificação pelo setor competente.